第一关
小BOSS：清真寺炮塔
这是叛军的哨塔，阿拉伯清真寺外面的塔伪装成三个炮台。
在游戏中并不会对玩家造成什么困扰，就算是新手估计都没有在这个位置牺牲过吧！
毕竟在这里有子弹补给
BOSS：垂直着陆大型爆击机
这是一关的BOSS，首次出现的时候机翼上面站着两个小兵发射子弹，还会有阿拉伯人跳下来。BOSS的难点就在于两边喷射的火焰，让战斗场景非常有限，不过玩家可以利用矫健的跳跃来躲避子弹，并将BOSS击败。难度虽然不大，但是整个过程都是比较刺激的。
第二关
超弩级岩盘掘削机械
估计当年的玩家都没有见过这个BOSS的全貌吧！一个巨大的挖掘机，外形看上去类似什么机械兽。主要是叛军用来深挖地底的工具。
种种资料表明，这个机器是来自外星的科技，被叛军掌握了技术，并利用这个挖掘机在金字塔古墓深处进行挖掘，寻找地底文明。
第三关
广域焦土化脚立战车
这个BOSS算是非常有创新的，玩家使用飞机或者坦克进行攻击会有不同的感觉。
不过大部分玩家都喜欢使用飞机进行作战。躲避子弹最好的地方就是BOSS的子弹发射口和最下面。当年几乎大部分玩家都可以在不掉血的情况下打败用它。
第四关
水陆两用杀戮蹂躏车
玩家首次变成胖子就是在《合金弹头2》的第四关。很多玩家就是利用胖子的形态对付这个BOSS的。玩家必须先将他的发射器全都打烂，加农炮就会出现。
加农炮的子弹是非常难躲避的，玩家必须选好站位，尽量控制加农炮的射击方向。而除非是直接击中玩家，要不然加农炮是打不到人的。爆炸的威力可以将玩家高高的掀起来，但是不会有任何伤害。
第五关
隐密行动潜水舰
对于大部分玩家来说，五关BOSS是一道送分题。
谁也不会想到后面的BOSS竟然这么弱，子弹虽然多但是都是有规律的。而且每次攻击都有暗示。
玩家要是使用坐骑，就完全不用担心打不过。
最终关
Rugname外星飞船
BOSS是火星首次出现的母舰，这里参考了经典电影《独立日》的场景
虽然叛军们会出现帮忙，但是除了抵挡子弹外，并没有什么实际用途。他们的攻击对于BOSS来说是完全无效的。
母舰是受火星之根的大脑控制，玩家必须在《合金弹头3》中追击上天空才能干掉它。
